El lugar en el que se encuentra la iglesia de la Alhambra fue originalmente una iglesia cristiana visigoda acreditada por una lápida allí encontrada. Sobre el lugar se situó la mezquita real y desde 1492 la primera sede de la Catedral de Granada más tarde se construyo la segunda sede junto al Convento de San Francisco (Casa Grande) en el Realejo y el culto en la Alhambra se trasladó a la Casa Real. Junto a la iglesia se situaron el Seminario y la Casa de Beneficiados. En 1576 se procede a la demolición del edificio de la sede de la Alhambra por estar en ruinas. Años después se proyectó un nuevo templo en la Alhambra que trazó Juan de Herrera, modificó Ambrosio de Vico y en 1581 se comenzó la construcción sobre otro diseño más pobre de Juan de Orea muy diferente a lo inicialmente proyectado. En 1590 el Arzobispo D. Pedro de Castro puso una columna en el atrio de la iglesia con reliquias de los franciscanos Juan de Cetina y Pedro de Dueñas martirizados el 12 de mayo de 1397 a la puerta de la mezquita que había en el mismo lugar. Se terminó en 1618 con el aspecto que hoy conocemos. El 25 de noviembre de 2018 se celebrará el 400º aniversario de la construcción de esta iglesia que ha sido un foco de luz en la colina de la Sabika, en la Nativola visigoda, en la ciudad de la Alhambra y en la ciudad de Granada.